Поздним вечером 21 июня 1941 года наркома ВМФ Николая Кузнецова срочно вызвал к себе нарком обороны Тимошенко. Предчувствуя недоброе, Кузнецов поспешил на встречу. Тимошенко сообщил о высокой вероятности нападения Германии. Кузнецов, не теряя времени, спросил о возможности применения оружия и, получив утвердительный ответ, немедленно приказал привести флоты в полную боевую готовность № 1.
Оказалось, что Сталин еще днем принял решение о боеготовности войск, но наркома ВМФ об этом не информировали. Кузнецов, понимая всю серьезность ситуации, лично продублировал приказ командующим флотами. Благодаря этому, к началу войны флоты были готовы к обороне. Северный флот успел подготовиться к отражению атаки, а в Севастополе немецкие самолеты встретили ожесточенное сопротивление.
Первым о начале войны Кузнецову доложил командующий Черноморским флотом. Нарком ВМФ попытался связаться со Сталиным, но безуспешно. Тогда он доложил Тимошенко о нападении.
Только в 3:30 Сталина разбудили и доложили о бомбардировке советских городов. Сталин медлил с приказом об ответных действиях, желая дождаться подтверждения от посла Германии. Директива войскам была подписана лишь в 7:15. К этому времени советская авиация понесла тяжелые потери.
Благодаря оперативным действиям Кузнецова, флот в первые часы войны не потерял ни одного корабля, самолета или моряка. Более того, в августе 1941 года по его приказу морские летчики Балтийского флота бомбили Берлин.